Während des Dreißigjährigen Krieges war die Burg Querfurt Schauplatz heftiger Kämpfe. Von 1663-1815 existiert hier ein reichsunmittelbares Fürstentum Sachsen-Querfurt und diente den Herzögen von Sachsen-Weißenfels als Teilresidenz. Im Jahre 1815 ging die Burg schließlich in preußischen Besitz über und wurde landwirtschaftliche Domäne. Nach der Auflösung der Domäne im Jahre 1936 wurden die Gebäude weiterhin für Verwaltungs- und Wohnzwecke genutzt. In den 1930er und 1980er Jahren begann man auf dem Burggelände mit umfangreichen wissenschaftlichen Untersuchungen und Grabungen, welche interessante baugeschichtliche Befunde erbrachten. Heute gehört die imposante Anlage dem Landkreis Saalekreis.
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